Molecular and biochemical characterization of a recombinant glycosyl hydrolase family 3 β-glucosidase overexpressed in Escherichia. coli; bioprospecting metagenomes for cellulolytic processing function
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Notice bibliographique
Résumé
Enzyme activity on a synthetic substrate ( p -nitrophenyl-β-D-glucopyranoside ( p NPG)) ranked by specificity (k cat /K m ), placed Bgl-3 (a recombinant P. carotovorum subsp. carotovorum -ß-glucosidase expressed in Escherichia coli ) in a group of ß-glucosidases, whereas ranking according to turnover number (k cat ) placed Bgl-3 at the top of the group, implying its potential for high activity in biomass processing. The role of Lys211, His212, Arg172, and Asp114, in substrate recognition and stabilization of a glucose unit in catalysis is proposed here due to interactions with the substrate C1-C6 hydroxyls through hydrogen bonding, as well as the role of two methionines, Met255, Met322, in hydrophobic stabilization. However, enzyme inactivation due to ion pair dissociation, at pH range >8 and <5, of the enzyme nucleophile and the acid-base, can influence enzyme-intermediate complex formation, suggesting the latter as rate limiting in Bgl3 catalysis. Asp290 and Glu517 in the substrate binding clefts, are the nucleophile and the catalytic acid/base suggested, respectively. The close proximity of His212 and His522 stabilizes the enzyme glycosyl-intermediate through hydrogen bonding.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle