Molecular and biochemical characterization of a recombinant glycosyl hydrolase family 3 β-glucosidase overexpressed in Escherichia. coli; bioprospecting metagenomes for cellulolytic processing function
Notice bibliographique
Résumé
Enzyme activity on a synthetic substrate ( p -nitrophenyl-β-D-glucopyranoside ( p NPG)) ranked by specificity (k cat /K m ), placed Bgl-3 (a recombinant P. carotovorum subsp. carotovorum -ß-glucosidase expressed in Escherichia coli ) in a group of ß-glucosidases, whereas ranking according to turnover number (k cat ) placed Bgl-3 at the top of the group, implying its potential for high activity in biomass processing. The role of Lys211, His212, Arg172, and Asp114, in substrate recognition and stabilization of a glucose unit in catalysis is proposed here due to interactions with the substrate C1-C6 hydroxyls through hydrogen bonding, as well as the role of two methionines, Met255, Met322, in hydrophobic stabilization. However, enzyme inactivation due to ion pair dissociation, at pH range >8 and <5, of the enzyme nucleophile and the acid-base, can influence enzyme-intermediate complex formation, suggesting the latter as rate limiting in Bgl3 catalysis. Asp290 and Glu517 in the substrate binding clefts, are the nucleophile and the catalytic acid/base suggested, respectively. The close proximity of His212 and His522 stabilizes the enzyme glycosyl-intermediate through hydrogen bonding.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».