Development of a new SNP panel for bowhead whales (Balaena mysticetus)
Notice bibliographique
Résumé
Population genetic research is a critical tool for the conservation and management of marine mammals and other species. The bowhead whale (Balaena mysticetus) is subject to aboriginal subsistence hunting in Alaska, Canada, Chukotka, and Greenland and managed by the International Whaling Commission for all those countries except Canada. Genetic studies support conservation management plans and the determination of safe hunting quotas by providing information on levels of genetic diversity, estimates of abundance and effective population size, and stock separation. Because bowhead populations are monitored in several countries, including genetic monitoring, there is a need for methods that can be consistently used in multiple labs that provide comparable data that can be publicly shared and built upon by successive studies. Here we present a new panel of single nucleotide polymorphisms (SNPs), derived from multiple bowhead populations, that meet those criteria. We describe the use of the Fluidigm SNPtype assay for analyzing 69 autosomal, 6 X-chromosome, and 1 Y-chromosome SNPs. Results indicate that the methods herein are reliable and have low error rates. Because SNPs are discrete sequence-based genetic markers, the panel of loci described here can be replicated, used in different labs, and are directly comparable, making SNPs more useful than existing microsatellite markers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».