Analysis of Ku70 S155 Phospho-Specific BioID2 Interactome Identifies Ku Association with TRIP12 in Response to DNA Damage
Notice bibliographique
Résumé
The Ku heterodimer, composed of subunits Ku70 and Ku80, is known for its essential role in repairing double-stranded DNA breaks via non-homologous end joining (NHEJ). We previously identified Ku70 S155 as a novel phosphorylation site within the von Willebrand A-like (vWA) domain of Ku70 and documented an altered DNA damage response in cells expressing a Ku70 S155D phosphomimetic mutant. Here, we conducted proximity-dependent biotin identification (BioID2) screening using wild-type Ku70, Ku70 S155D mutant, and Ku70 with a phosphoablative substitution (S155A) to identify Ku70 S155D-specific candidate proteins that may rely on this phosphorylation event. Using the BioID2 screen with multiple filtering approaches, we compared the protein interactor candidate lists for Ku70 S155D and S155A. TRIP12 was exclusive to the Ku70 S155D list, considered a high confidence interactor based on SAINTexpress analysis, and appeared in all three biological replicates of the Ku70 S155D-BioID2 mass spectrometry results. Using proximity ligation assays (PLA), we demonstrated a significantly increased association between Ku70 S155D-HA and TRIP12 compared to wild-type Ku70-HA cells. In addition, we were able to demonstrate a robust PLA signal between endogenous Ku70 and TRIP12 in the presence of double-stranded DNA breaks. Finally, co-immunoprecipitation analyses showed an enhanced interaction between TRIP12 and Ku70 upon treatment with ionizing radiation, suggesting a direct or indirect association in response to DNA damage. Altogether, these results suggest an association between Ku70 phospho-S155 and TRIP12.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».