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Enregistrement W4365134808 · doi:10.1007/s10577-023-09722-y

Chromosome-length genome assemblies and cytogenomic analyses of pangolins reveal remarkable chromosome counts and plasticity

2023· article· en· W4365134808 sur OpenAlex
Marlys L. Houck, Klaus‐Peter Koepfli, Taylor Hains, Ruqayya Khan, S.J. Charter, Julie A. Fronczek, Ann Misuraca, Sergei Kliver, Polina L. Perelman, Violetta R. Beklemisheva, Alexander S. Graphodatsky, Shu‐Jin Luo, Stephen J. O’Brien, Norman T.‐L. Lim, Jason Shih-Chien Chin, Vanessa Guerra, Gaik Tamazian, Arina D. Omer, David Weisz, Kenneth Kaemmerer, Ginger Sturgeon, Joseph C. Gaspard, Alicia Hahn, Mark McDonough, Isabel Garcia-Treviño, Jordan Gentry, Rob L. Coke, Jan E. Janečka, Ryan J. Harrigan, Jen Tinsman, Thomas B. Smith, Erez Lieberman Aiden, Olga Dudchenko

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueChromosome Research · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic diversity and population structure
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteDirectorate for Biological SciencesRussian Science FoundationNational Institutes of HealthNational Geographic SocietyWelch Foundation
Mots-clésBiologyPangolinAutosomeGenomeGeneticsEvolutionary biologyPopulationChromosomeKaryotypeEcologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We report the first chromosome-length genome assemblies for three species in the mammalian order Pholidota: the white-bellied, Chinese, and Sunda pangolins. Surprisingly, we observe extraordinary karyotypic plasticity within this order and, in female white-bellied pangolins, the largest number of chromosomes reported in a Laurasiatherian mammal: 2n = 114. We perform the first karyotype analysis of an African pangolin and report a Y-autosome fusion in white-bellied pangolins, resulting in 2n = 113 for males. We employ a novel strategy to confirm the fusion and identify the autosome involved by finding the pseudoautosomal region (PAR) in the female genome assembly and analyzing the 3D contact frequency between PAR sequences and the rest of the genome in male and female white-bellied pangolins. Analyses of genetic variability show that white-bellied pangolins have intermediate levels of genome-wide heterozygosity relative to Chinese and Sunda pangolins, consistent with two moderate declines of historical effective population size. Our results reveal a remarkable feature of pangolin genome biology and highlight the need for further studies of these unique and endangered mammals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,449
Score d'incertitude au seuil0,556

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,102
Tête enseignante GPT0,371
Écart entre enseignants0,270 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle