Direct and culture-enriched 16S rRNA sequencing of cecal content of healthy horses and horses with typhlocolitis
Notice bibliographique
Résumé
Next generation sequencing has demonstrated that alpha diversity of the fecal microbiota is significantly altered in horses with typhlocolitis. The objective of this study was to evaluate the bacterial composition of the cecum content of horses with and without typhlocolitis through direct and culture-enriched 16S gene sequencing of six healthy horses and six horses with acute typhlocolitis; a case-control study design. Cecal content was collected after euthanasia. An aliquot was used for direct 16S gene sequencing. Another was serially diluted with brain heart infusion (BHI) and plated onto five different agar media. All culture medias, except for MacConkey, were incubated anaerobically. Bacterial colonies were harvested in bulk and used for DNA extraction, 16S PCR amplification, and sequenced using the Illumina MiSeq platform. Predominant phyla in healthy and diseased horses were Firmicutes, followed by Bacteroidetes in all cultured medias, except for MacConkey agar, in which Proteobacteria was the dominant phylum. Greater bacterial richness was identified in sequenced cecal contents as compared to cultured plates (P < 0.05). Culture-enriched molecular profiling combined with 16S rRNA gene sequencing offer an alternative method for the study of the gut microbiota of horses. For direct cecum content 16S gene amplification, the alpha diversity indices were lower in diarrheic horses compared to healthy horses (P < 0.05). A higher relative abundance of Fusobacteriota was found in 2/6 samples from diarrheic horses. The role of Fusobacteriota in equine colitis deserves investigation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».