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Enregistrement W4365504775 · doi:10.21203/rs.3.rs-2761997/v1

Universal Chemical Programming Language for Robotic Synthesis Reproducibility

2023· preprint· en· W4365504775 sur OpenAlexaffabout
Jason E. Hein, Robert Rauschen, Mason Guy, Leroy Cronin

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueInnovative Microfluidic and Catalytic Techniques Innovation
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésReproducibilityComputer scienceProgramming languageArtificial intelligenceChemistryChromatography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The amount of chemical synthesis literature is growing quickly, but it still takes a long time to share and evaluate new processes because of cultural and practical barriers. Herein, we present an approach that uses a universal chemical programming language (χDL) to encode and execute synthesis procedures for a variety of chemical reactions including reductive amination, ring formation, esterification, carbon-carbon bond formation, and amide coupling on different hardware and in different laboratories. With around fifty lines of code per reaction, our approach uses abstraction to efficiently compress chemical protocols. Our different robotic platforms consistently produce the expected synthesis with yields up to 90% per step, matching those achieved by an expert chemist. This allows for faster and more secure research workflows and can be used to increase the throughput of a process by number-up instead of scale-up. To achieve that we use Chemputer-type platforms at the University of Glasgow and the University of British Columbia, Vancouver as well as Opentrons- and multi-axis cobotic robots to distribute and reproduce experimental results. In total, protocols for 7 complex molecules were validated and disseminated to be reproduced in two international laboratories and on three independent robots.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,996
Score d'incertitude au seuil0,024

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0020,003
Science ouverte0,0030,004
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,081
Tête enseignante GPT0,377
Écart entre enseignants0,296 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineReproductibilité
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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