mEMbrain: an interactive deep learning MATLAB tool for connectomic segmentation on commodity desktops
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Connectomics is fundamental in propelling our understanding of the nervous system’s organization, unearthing cells and wiring diagrams reconstructed from volume electron microscopy (EM) datasets. Such reconstructions, on the one hand, have benefited from ever more precise automatic segmentation methods, which leverage sophisticated deep learning architectures and advanced machine learning algorithms. On the other hand, the field of neuroscience at large, and of image processing in particular, has manifested a need for user-friendly and open source tools which enable the community to carry out advanced analyses. In line with this second vein, here we propose mEMbrain, an interactive MATLAB-based software which wraps algorithms and functions that enable labeling and segmentation of electron microscopy datasets in a user-friendly user interface compatible with Linux and Windows. Through its integration as an API to the volume annotation and segmentation tool VAST, mEMbrain encompasses functions for ground truth generation, image preprocessing, training of deep neural networks, and on-the-fly predictions for proofreading and evaluation. The final goals of our tool are to expedite manual labeling efforts and to harness MATLAB users with an array of semi-automatic approaches for instance segmentation. We tested our tool on a variety of datasets that span different species at various scales, regions of the nervous system and developmental stages. To further expedite research in connectomics, we provide an EM resource of ground truth annotation from 4 different animals and 5 datasets, amounting to around 180 hours of expert annotations, yielding more than 1.2 GB of annotated EM images. In addition, we provide a set of 4 pre-trained networks for said datasets. All tools are available from https://lichtman.rc.fas.harvard.edu/mEMbrain/ . With our software, our hope is to provide a solution for lab-based neural reconstructions which does not require coding by the user, thus paving the way to affordable connectomics.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle