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Enregistrement W4366547550 · doi:10.5376/pgt.2023.14.0005

Identification of

2023· article· en· W4366547550 sur OpenAlexvenueno aff
Honghui Yuan, LinLing Li, Cheng Hua, Xian Xiao, Shuiyuan Cheng

Notice bibliographique

RevuePlant Gene and Trait · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGinkgo biloba and Cashew Applications
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesHuanggang Normal UniversityNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésSubfamilyGeneGene familyBiologyTranscriptomeGeneticsGinkgo bilobaGene expressionHomology (biology)Arabidopsis thalianaComputational biologySequence analysisMutantBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

AP2/ERF transcription factors (TF) are widely involved in the biological process of Ginkgo biloba , here, the ERF gene family may regulate plant stress responses through mediating secondary metabolism. To understand the regulation mechanisms of ERF gene family during this process, two transcriptome databases of ginkgo leaves under UV-B and drought stress were constructed respectively. The conserved domains, physicochemical properties and gene family homology of AP2/ERF TFs were analyzed using online bioinformatics tools, the expression of ERF gene family under these two adversity stresses were predicted and five ERF genes involved in flavonoid pathway were selected for qRT - PCR validation analysis. The results showed that 61 AP2/ERF TFs were identified from G. biloba , and which were classified into 28 GbERF, 23 GbDREB, 5 GbAP2, and 5 GbRAV, according to their conserved domains and motifs. The Amino acid numbers, isoelectric point (pI) and some other physicochemical properties varied greatly between different members. Sequence homology analysis with Arabidopsis thaliana and Glycine max  showed that the members in the same AP2/ERF subfamily were closely related. In G. biloba , the GbERF and GbDREB subfamily together constitute the ERF gene family, transcriptome prediction analysis showed that the expression of most members of ERF gene family were increased under UV-B and drought stress. From the validation analysis, we concluded that the changes of the expression levels of these five genes were consistent with the prediction results. This study provided scientific basis for the function analysis of ERF gene family in G. biloba .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,812
Score d'incertitude au seuil0,083

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,262
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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