Development of genomic resources for cattails ( <i>Typha</i> ), a globally important macrophyte genus
Notice bibliographique
Résumé
Abstract 1. Background A critical knowledge gap in freshwater plants research is the lack of genetic tools necessary to answer fundamental questions about their demographic histories, adaptation, and phylogenetic relationships. One example of this is Typha , a global genus of freshwater plants foundational to wetlands that is also becoming an increasingly problematic biological invader in numerous regions worldwide; while important insights have been discovered for this genus, existing markers are insufficient to answer fundamental questions about their demographic histories, adaptation, and phylogenetic relationships, to identify introduced and hybrid lineages, and to examine patterns of hybridisation and introgression. 2. Methods We optimised a library preparation and data processing protocol to develop genome–wide nuclear and plastid resources for studying the evolutionary history, genetic structure and diversity, hybridisation, local adaptation, invasiveness, and geographic expansion dynamics of Typha . 3. Main results We sequenced 140 Typha samples and identified ∼120K nuclear SNPs that differentiate T. angustifolia , T. domingensis and T. latifolia and retrieved their plastome sequences. We observed genetic introgression among the three species. 4. Conclusions Following a fast, straightforward, and cost–efficient genomic library preparation protocol, we produced a suite of genome–wide resources to facilitate investigations into the taxonomy and population genetics of Typha and to advance the genomic understanding of wetland plants. 5. Contributions The protocol described, the updated chromosome–level genome assembly of T. latifolia , the catalogue of species-specific SNPs, and the chloroplast sequences produced in this study comprise permanent resources that can be applied to study the genetic composition of multiple populations and hybrid zones and will be incorporated into future studies of Typha, an ecologically important and globally invasive macrophyte.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».