Increased mRNA expression of CDKN2A is a transcriptomic marker of clinically aggressive meningiomas
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Homozygous loss of CDKN2A/B is a genetic alteration found in many cancer types including meningiomas, where it is associated with poor clinical outcome. It is now also a diagnostic criterion for grade 3 meningiomas in the 2021 WHO classification for central nervous system tumors. However, as in other cancers, the relationship between copy number loss of CDKN2A/B and expression of its gene product is unclear and may be either commensurate or paradoxical in nature. Therefore, we aimed to investigate the association of CDKN2A mRNA expression with clinical prognosis, WHO grade, and other molecular biomarkers in meningiomas such as DNA methylation, molecular group, and proteomics. Methods We used multidimensional molecular data of 490 meningioma samples from 4 independent cohorts to examine the relationship between mRNA expression of CDKN2A and copy number status, its correlation to clinical outcome, the transcriptomic pathways altered in differential CDKN2A expression, and its relationship with DNA methylation, and proteomics using an integrated molecular approach. Results Meningiomas without any copy number loss were dichotomized into high (CDKN2A high ) and low (CDKN2A low ) CDKN2A mRNA expression groups. Patients with CDKN2A high meningiomas had poorer progression free survival (PFS) compared to those with CDKN2A low meningiomas. CDKN2A mRNA expression was increased in more aggressive molecular groups, and in higher WHO grade meningiomas across all cohorts. CDKN2A high meningiomas and meningiomas with CDKN2A copy number loss shared common up-regulated cell cycling pathways. CDK4 mRNA expression was increased in CDKN2A high meningiomas and both p16 and CDK4 protein were more abundant in CDKN2A high meningiomas. CDKN2A high meningiomas were frequently hypermethylated at the gene body and UTR compared to CDKN2A low meningiomas and found be more commonly Rb-deficient. Conclusions An intermediate level of CDKN2A mRNA expression appears to be optimal as significantly low (CDKN2A deleted) or high expression (CDKN2A high ) are associated with poorer outcomes clinically. Though CDK4 is elevated in CDKN2A high meningiomas, Rb-deficiency may be more common in this group, leading to lack of response to CDK inhibitors.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».