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Enregistrement W4367054818 · doi:10.1111/jbg.12777

Phenotypic variation in milk fatty acid composition and its association with <scp>stearoyl‐CoA</scp> desaturase 1 (<i>SCD1</i>) gene polymorphisms in Gir cows

2023· article· en· W4367054818 sur OpenAlexaff
Carolina Guimarães Ramos Matosinho, Pablo Augusto de Souza Fonseca, Maria Gabriela Campolina Diniz Peixoto, Izinara Cruz Rosse, Fernando César Ferraz Lopes, Thalía Rodrigues de Souza Zózimo, Aníbal Eugênio Vercesi Filho, Frank Ângelo Tomita Bruneli, Maria Raquel Santos Carvalho, Marco Antônio Sundfeld da Gama

Notice bibliographique

RevueJournal of Animal Breeding and Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and phenotypic traits in livestock
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas GeraisCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Mots-clésBiologySNPGenotypeFatty acidGeneticsSingle-nucleotide polymorphismGeneBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Individual variation in milk fatty acid (FA) composition has been partially attributed to stearoyl‐CoA desaturase 1 ( SCD1 ) gene polymorphisms in taurine breeds, but much less is known for Zebu breeds. This study investigated the phenotypic variation in milk FA composition, and the influence of SCD1 variants on this trait and on milk fat desaturase indices (DI) in Gir cows. The functional impact of SCD1 variants was predicted using bioinformatics tools. Milk and blood samples were collected from 312 cows distributed in 10 herds from five states of Brazil. SCD1 variants were identified through target sequencing, and milk FA composition was determined by gas chromatography. Phenotypic variation in milk FA composition fell within the range reported for taurine breeds, with SCD 18 index showing the lowest variation among the DI. Fourteen SCD1 variants were identified, six of which not previously described. Regarding the A293V polymorphism, all cows were homozygous for the C allele (coding for alanine), whereas all genotypes were detected for the second SNP affecting the 293 codon (G &gt; A), with compelling evidence for functional effects. Significant associations (based on raw p ‐values) were found between this SNP and C12:0, cis ‐9, trans ‐11 CLA and short‐chain FA, and between another SNP (rs523411937) and C15:0 and odd‐chain linear FA. A new SNP on Chr26:21277069 was associated with trans ‐11 C18:1, cis ‐9, trans ‐11 CLA, C18:3 n‐3 and n‐3 FA. These findings indicate that SCD1 polymorphisms also contributes to the phenotypic variation in milk FA composition of Gir cows, with potential use in their breeding programmes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,767
Score d'incertitude au seuil0,607

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,214 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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