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Enregistrement W4367173643 · doi:10.1126/science.abn5856

The contribution of historical processes to contemporary extinction risk in placental mammals

2023· article· en· W4367173643 sur OpenAlexaff
Aryn P. Wilder, Megan A. Supple, Ayshwarya Subramanian, Anish Mudide, Ross Swofford, Aitor Serres‐Armero, Cynthia Steiner, Klaus‐Peter Koepfli, Diane P. Genereux, Elinor K. Karlsson, Kerstin Lindblad‐Toh, Tomàs Marquès‐Bonet, Violeta Muñoz‐Fuentes, Kathleen Foley, Wynn K. Meyer, Oliver A. Ryder, Beth Shapiro, Gregory Andrews, Joel Armstrong, Matteo Bianchi, Susan J. Birren, Kevin R. Bredemeyer, Ana M. Breit, Matthew J. Christmas, Hiram Clawson, Joana Damas, Federica Di Palma, Mark Diekhans, Michael X. Dong, Eduardo Eizirik, Kaili Fan, Cornelia Fanter, Nicole M. Foley, Karin Forsberg‐Nilsson, Carlos J. Garcia, John Gatesy, Steven Gazal, Linda Goodman, Jenna Grimshaw, Michaela K. Halsey, Andrew J. Harris, Glenn Hickey, Michael Hiller, Allyson G. Hindle, Robert Hubley, Graham M. Hughes, Jeremy Johnson, David Juan, Irene M. Kaplow, Kathleen C. Keough, Bogdan Kirilenko, Jennifer M. Korstian, Amanda Kowalczyk, Sergey V. Kozyrev, Alyssa J. Lawler, Colleen Lawless, Thomas Lehmann, Danielle L. Levesque, Harris A. Lewin, Xue Li, Abigail Lind, Ava Mackay-Smith, Voichita D. Marinescu, Victor C. Mason, Jennifer R. S. Meadows, Jill E. Moore, Lucas R. Moreira, Diana D. Moreno-Santillán, Kathleen M. Morrill, Gerard Muntané, William J. Murphy, Arcadi Navarro, Martin Nweeia, Sylvia Ortmann, Austin Osmanski, Benedict Paten, Nicole S. Paulat, Andreas R. Pfenning, BaDoi N. Phan, Katherine S. Pollard, Henry Pratt, David A. Ray, Steven K. Reilly, Jeb Rosen, Irina Ruf, Louise Ryan, Pardis C. Sabeti, Daniel E. Schäffer, Aitor Serres, Arian F. A. Smit, Mark S. Springer, Chaitanya Srinivasan, Jessica M. Storer, Kevin A. Sullivan, Patrick F. Sullivan, Elisabeth Sundström, Joy-El Talbot, Emma C. Teeling, Jason Turner-Maier, Alejandro Valenzuela, Franziska Wagner, Ola Wallerman, Chao Wang, Juehan Wang, Zhiping Weng, Morgan Wirthlin, James R. Xue, Xiaomeng Zhang

Notice bibliographique

RevueScience · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueWildlife Ecology and Conservation
Établissements canadiensCanadian Museum of NatureGenome British Columbia
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthVetenskapsrådetGeneralitat de CatalunyaBroad InstituteEuropean CommissionCentres de Recerca de CatalunyaAgencia Estatal de InvestigaciónHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésExtinction (optical mineralogy)BiologyGeographyPaleontology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Species persistence can be influenced by the amount, type, and distribution of diversity across the genome, suggesting a potential relationship between historical demography and resilience. In this study, we surveyed genetic variation across single genomes of 240 mammals that compose the Zoonomia alignment to evaluate how historical effective population size ( N e ) affects heterozygosity and deleterious genetic load and how these factors may contribute to extinction risk. We find that species with smaller historical N e carry a proportionally larger burden of deleterious alleles owing to long-term accumulation and fixation of genetic load and have a higher risk of extinction. This suggests that historical demography can inform contemporary resilience. Models that included genomic data were predictive of species’ conservation status, suggesting that, in the absence of adequate census or ecological data, genomic information may provide an initial risk assessment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,239
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations104
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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