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Enregistrement W4367173718 · doi:10.1126/science.abn5887

Comparative genomics of Balto, a famous historic dog, captures lost diversity of 1920s sled dogs

2023· article· en· W4367173718 sur OpenAlexaff
Katherine L. Moon, Heather J. Huson, Kathleen M. Morrill, Mingshan Wang, Xue Li, Krishnamoorthy Srikanth, Kerstin Lindblad‐Toh, Gavin J. Svenson, Elinor K. Karlsson, Beth Shapiro, Gregory Andrews, Joel Armstrong, Matteo Bianchi, Susan J. Birren, Kevin R. Bredemeyer, Ana M. Breit, Matthew J. Christmas, Hiram Clawson, Joana Damas, Federica Di Palma, Mark Diekhans, Michael X. Dong, Eduardo Eizirik, Kaili Fan, Cornelia Fanter, Nicole M. Foley, Karin Forsberg‐Nilsson, Carlos J. Garcia, John Gatesy, Steven Gazal, Diane P. Genereux, Linda Goodman, Jenna Grimshaw, Michaela K. Halsey, Andrew J. Harris, Glenn Hickey, Michael Hiller, Allyson G. Hindle, Robert Hubley, Graham M. Hughes, Jeremy Johnson, David Juan, Irene M. Kaplow, Kathleen C. Keough, Bogdan Kirilenko, Klaus‐Peter Koepfli, Jennifer M. Korstian, Amanda Kowalczyk, Sergey V. Kozyrev, Alyssa J. Lawler, Colleen Lawless, Thomas Lehmann, Danielle L. Levesque, Harris A. Lewin, Abigail Lind, Ava Mackay-Smith, Voichita D. Marinescu, Tomàs Marquès‐Bonet, Victor C. Mason, Jennifer R. S. Meadows, Wynn K. Meyer, Jill E. Moore, Lucas R. Moreira, Diana D. Moreno-Santillán, Gerard Muntané, William J. Murphy, Arcadi Navarro, Martin Nweeia, Sylvia Ortmann, Austin Osmanski, Benedict Paten, Nicole S. Paulat, Andreas R. Pfenning, BaDoi N. Phan, Katherine S. Pollard, Henry Pratt, David A. Ray, Steven K. Reilly, Jeb Rosen, Irina Ruf, Louise Ryan, Oliver A. Ryder, Pardis C. Sabeti, Daniel E. Schäffer, Aitor Serres, Arian F. A. Smit, Mark S. Springer, Chaitanya Srinivasan, Cynthia Steiner, Jessica M. Storer, Kevin A. Sullivan, Patrick F. Sullivan, Elisabeth Sundström, Megan A. Supple, Ross Swofford, Joy-El Talbot, Emma C. Teeling, Jason Turner-Maier, Alejandro Valenzuela, Franziska Wagner, Ola Wallerman, Chao Wang, Juehan Wang, Zhiping Weng, Aryn P. Wilder, Morgan Wirthlin, James R. Xue, Xiaomeng Zhang

Notice bibliographique

RevueScience · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueYersinia bacterium, plague, ectoparasites research
Établissements canadiensCanadian Museum of NatureGenome British Columbia
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Institute on AgingNational Institutes of HealthNational Human Genome Research InstituteHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésBreedBiologyCompendiumPopulationGenomePopulation genomicsGenomicsCoatGeneticsEvolutionary biologyGeographyGeneDemographyEcologyArchaeology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We reconstruct the phenotype of Balto, the heroic sled dog renowned for transporting diphtheria antitoxin to Nome, Alaska, in 1925, using evolutionary constraint estimates from the Zoonomia alignment of 240 mammals and 682 genomes from dogs and wolves of the 21st century. Balto shares just part of his diverse ancestry with the eponymous Siberian husky breed. Balto's genotype predicts a combination of coat features atypical for modern sled dog breeds, and a slightly smaller stature. He had enhanced starch digestion compared with Greenland sled dogs and a compendium of derived homozygous coding variants at constrained positions in genes connected to bone and skin development. We propose that Balto's population of origin, which was less inbred and genetically healthier than that of modern breeds, was adapted to the extreme environment of 1920s Alaska.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,199
Score d'incertitude au seuil0,365

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,313
Écart entre enseignants0,282 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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