LEVERAGING THE POWER OF 3D BRAIN-WIDE IMAGING AND MAPPING TOOLS FOR BRAIN INJURY RESEARCH IN MURINE MODELS
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Despite the fundamental importance of understanding impaired brain activity exhibited in post-traumatic epilepsy and other neurological impairments associated with traumatic brain injury (TBI), knowledge of how brain injury affects neuronal activity remains remarkably incomplete. We describe a whole-brain imaging and analysis approach to identify alterations in neuronal activity after TBI as a complementary method to conventional two-dimensional (2D) histological approaches. Here we report an easy-to-follow experimental pipeline to quantify changes in the whole mouse brain using tissue clearing, light sheet microscopy (LSM) and an optimised open-access atlas registration workflow. We validated the outcome of the pipeline using high throughput image analysis software and a secondary atlas registration method. Using the CHIMERA (Closed-Head Impact Model of Engineered Rotational Acceleration) TBI model, TRAP2 mice were subjected to repeated mild TBI or sham treatment followed by tamoxifen injection to lock c-Fos activity after TBI. Brains were SHIELD fixed and passively cleared for imaging of c-Fos+ cells throughout the rostro-caudal axis of the brain using a light sheet microscope equipped with a specialized whole-brain imaging chamber. Volumetric images were stitched and 3D rendered using Arivis Vision4D image analysis software. For quantitative analysis, 2D image stacks were exported to segment c-Fos+ cells and register them to the Allen Mouse Brain Atlas using the BrainQuant3D python package. As a result, c-Fos+ cell counts were estimated throughout the brain and heatmaps were generated. We identified a brain-wide reduction in c-Fos cell density in the TBI group compared to sham controls, indicative of TBI-induced changes in whole brain neuronal activity. Further studies using multi-dimensional imaging coupled with analysis tools will deepen our understanding of post-TBI brain-wide dynamics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».