A novel method for isolation and flow cytometry analysis of intraepithelial lymphocytes from colon biopsies
Notice bibliographique
Résumé
Investigating the immune responses of the intestine in response to different insults is predominantly limited to indirect methods such as circulating markers of intestinal health or gene expression from dissections. We describe here a validated protocol for the isolation and subsequent flow cytometry analysis of intestinal intraepithelial lymphocytes (IEL) from colonic biopsy samples. Colon biopsy samples were collected with endoscopy forceps from Holstein dairy bull calves at d 2, 28, and 42 of life. The biopsies were put into an isolation solution of Hanks' balanced salt solution, and fetal bovine serum followed by digestion solution. The solution was filtered and the flow-through, containing IEL, was stained with fluorescent antibodies for flow cytometry analysis. Density gradient separation of the isolate yielded higher viability and cleaner samples for flow cytometry analysis. Anti-bovine γ chain of the T cell receptor was used to identify populations of gamma delta (γδ) T cells via flow cytometry. In addition, γδ T cell subsets were identified using an anti-bovine antibody against the coreceptor workshop cluster 1. This method allowed for the precise identification of lymphocyte populations and evaluation of the proportion of different subsets of γδ T cells from intestinal IEL over time. The technique described here will allow the research community to characterize intestinal immune function over time and improve our understanding of how different management and nutritional strategies affect intestinal health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».