Development of a droplet digital PCR for pertussis toxin locus copy number determination in a genetically-modified Bordetella pertussis strain
Notice bibliographique
Résumé
To improve pertussis toxin (PT) yield in B. pertussis strains for vaccine production a genetically-engineered strain (gdPT 191-134 strain) with a second copy of the genetically detoxified PT (gdPT) locus was developed. The consistency of the production and genetic stability of the strain when used for vaccine production must be established. We developed two simplex ddPCR assays with PCR systems for ptxA, the target gene present in two copies, and pgm, the reference gene present as a single copy. The ddPCR assay had sufficient precision to discriminate the copy number of the PT locus accurately in two B. pertussis strains: one copy in the parent, non-genetically-engineered strain and two copies in the gdPT 191-134 strain. Using the ddPCR assays, we were able to show that the ratio of the ptxA to pgm genes decreased during serial culture passages, due to the loss of PT locus, which in turn, resulted in lower levels of PT production over time. We were then able to assess culture conditions that improved the stability of the double locus, as shown by non-significant reduction in gdPT toxin yield.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».