Patterns of Global Genetic Diversity of Streptococcus pneumoniae Inferred Based on Archived Multilocus Sequence Typing Data
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus pneumoniae is the major cause of invasive pneumococcal disease (IPD). Since 1998, multilocus sequence typing (MLST) has been used for identifying the genotypes of strains of S. pneumoniae and helped reveal a diversity of local and regional epidemiological patterns for IPD, resulting in an archived MLST dataset of over 74,000 isolates. However, the global patterns of MLST sequence type (ST) and allele type (AT) distributions remain largely unexplored. In this study, we investigated the spatial and temporal patterns of AT and ST distributions of S. pneumoniae. We extracted S. pneumoniae MLST data from PubMLST.org and conducted various population genetic and phylogenetic analyses. Our analyses demonstrated both shared and unique distributions of STs and ATs among continental and national/regional populations. Among the 17915 STs in the dataset, 36 STs representing 15263 isolates were broadly shared among all six continents, consistent with recent gene flow and clonal dispersal of this pathogen. The analysis of molecular variance revealed that >96% genetic variations were found within individual continental and national/regional populations. However, though low (<4%), statistically significant genetic differentiation among continental and national populations were observed. Comparisons between non-clone-corrected and clone-corrected datasets showed that localized clonal expansion contributed significantly to the observed genetic differentiations among continents and countries/regions. Temporal analyses of the isolates showed that implementation of pneumococcal conjugate vaccine impacted the distributions of STs. Linkage disequilibrium analyses identified evidence for non-random recombination in all continental populations of this species. We discussed the implications of our analyses to the global epidemiology and future vaccine developments for S. pneumoniae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».