<i>Bacillus subtilis</i> small replicative plasmid collection incorporating five distinct origins of replication and compatible with Golden Gate DNA assembly
Notice bibliographique
Résumé
In order to facilitate Golden Gate DNA assembly, we have constructed a collection of Bacillus subtilis replicative plasmids representing five origins of replication derived from plasmids pUB110, pE194, pWV01, pBS72, and pTH1030. The first three of these plasmids use rolling circle replication and the latter two use theta replication. All of the plasmids carry the same multiple cloning site surrounded by transcriptional terminators. The plasmids are about three kilobases in size, allowing them to be easily amplified by inverse PCR using a common set of primers to generate cloning-ready amplicons. This plasmid PCR amplification approach also facilitates a workflow that eliminates Escherichia coli as a shuttle intermediate. All of the plasmids lack a site for at least three of the type IIS restriction enzymes BbsI, BsaI, Esp3I, PaqCI, or SapI, making them compatible with Golden Gate DNA assembly. We have demonstrated the utility of the plasmids by performing Golden Gate assembly of gusA and bgaB-reporter gene fragments and in expressing plasmid-borne red fluorescent protein under the control of RNA polymerase from bacteriophage K1E.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».