Evidence of the Involvement of <i>Nematostoma parasiticum</i> in Herpotrichia Needle Browning of <i>Abies balsamea</i>
Notice bibliographique
Résumé
Herpotrichia needle browning (HNB) is a disease that affects several species of fir trees in Europe and North America. HNB was first described by Hartig in 1884, who isolated a fungal pathogenic agent identified as responsible for the disease. This fungus was later named Herpotrichia parasitica but is currently named Nematostoma parasiticum. However, the identity of the pathogens causing HNB is regularly questioned and, to date, the true causal agent of this disease has not been definitely established. The present study aimed to identify the fungal populations present in needles of Christmas fir trees (Abies balsamea) and to correlate them with needle health status using robust molecular methods. PCR primers specific to N. parasiticum allowed detection of the presence of this fungus in DNA samples from symptomatic needles. Furthermore, high-throughput sequencing (Illumina MiSeq) clearly showed that N. parasiticum was associated with symptomatic needles. However, high-throughput sequencing results revealed that the presence of other species such as Sydowia polyspora and Rhizoctonia sp. may also correlate with the development of HNB. A diagnostic tool, based on quantitative PCR using a probe, was then developed to detect and quantify N. parasiticum in DNA samples. The efficacy of this molecular approach was validated through the detection of the pathogenic agent in symptomatic needle samples as well as in nonsymptomatic needles collected in trees affected by HNB. In contrast, N. parasiticum could not be found in needles from healthy trees. The present study argues for the importance of N. parasiticum in causing HNB symptoms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».