NGBO: Introducing -omics metadata to biobanking ontology
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background With improvements in high throughput sequencing technologies and the constant generation of large biomedical datasets, biobanks increasingly take on the role of managing and delivering not just specimens but also data. However, re-using data from different biobanks is challenged by incompatible data representations. Contextual data describing biobank digital resources often contain unstructured textual information incompatible with computational processes such as automated data discovery and integration. Therefore, a consistent and comprehensive contextual data framework is needed to increase discovery, reusability, and integrability across data sources. Methods Based on available genomics standards (e.g., Minimum information about a microarray experiment (MIAME)), the College of American Pathologists (CAP) laboratory accreditation requirements, and the Open Biological and Biomedical Ontologies Foundry principles, we developed the Next Generation Biobanking Ontology (NGBO). In addition, we created new terms and re-used concepts from the Ontology for Biomedical Investigations (OBI) and the Ontology for Biobanking (OBIB) to build NGBO. Results The Next Generation Biobanking Ontology https://www.ebi.ac.uk/ols4/ontologies/ngbo is an open application ontology representing omics contextual data, licensed under the Apache License 2.0. The ontology focuses on capturing information about three main activities: wet bench analysis used to generate omics data, bioinformatics analysis used to process and interpret data, and data management. In this paper, we demonstrated the use of the NGBO to add semantic statements to real-life use cases and query data previously stored in unstructured textual format.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,005 | 0,010 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».