MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4376107924 · doi:10.1080/13816810.2023.2204359

Syndromic retinitis pigmentosa caused by biallelic <i>SCAPER</i> frameshift variant

2023· article· en· W4376107924 sur OpenAlexfundno aff
Shaden H. Yassin, Fritz Gerald P. Kalaw, Alexa L. Li, Emily Fletcher, Shyamanga Borooah

Notice bibliographique

RevueOphthalmic Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRetinal Development and Disorders
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesFoundation Fighting Blindness
Mots-clésFrameshift mutationRetinitis pigmentosaProbandFundus (uterus)MedicineCompound heterozygosityRetinal degenerationGeneticsElectroretinographyOphthalmologyPhenotypePathologyRetinalBiologyMutationGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Purpose Mutations in the SCAPER gene have previously been reported to be a rare cause of syndromic and non-syndromic autosomal recessive retinitis pigmentosa (RP). We report a case of syndromic RP caused by a frameshift heterozygous mutation in SCAPER. Our case has a relatively mild ocular phenotype with the presence of cone involvement noted on full field electroretinogram (ffERG) without impacting central or color vision.Materials and Methods A 17-year-old male presented with progressive nyctalopia in both eyes. He underwent ophthalmic examination and multimodal imaging. A complete retinal degeneration panel consisting of 322 genes was used to screen for molecular causes of retinal dystrophy in this patient along with family segregation analysis.Results Fundus examination of the proband revealed mild RP phenotype with waxy pallor of optic discs, attenuated retinal arterioles, and single bone spicule like pigmentary change in the mid-periphery bilaterally. Multimodal imaging and ffERG demonstrated a picture of RP with cone dysfunction without impacting central or color vision bilaterally. Examined family members were found to be normal. The proband was found to be heterozygous for two novel frameshift pathogenic variants in SCAPER c.3781del, p. (Val1261Serfs*26), c.868_869del, p. (Glu290Serfs*7) both leading to predicted premature termination. The family members tested were found to be heterozygous for SCAPER c.868_869del, p. (Glu290Serfs*7) pathogenic variant confirming their carrier status.Conclusion We report a case of a syndromic RP of previously unreported ocular phenotype associated with SCAPER pathogenic variant, which will add to the phenotypic spectrum of retinopathy and systemic features associated with pathogenic variants in SCAPER.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: Étude de cas
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueOphthalmic GeneticsMême sujetRetinal Development and DisordersTravaux en français237 207