Construction of diversity panels of landrace rice collections in Myanmar
Notice bibliographique
Résumé
Abstract To meet the future demand of the global population, new varieties to adapt to regional climate changes such as salinity, drought, and submergence and new race emergence of pest disease and insects are expected to be developed for plant breeders. To facilitate efficient screening of germplasm and gene exploration on bi-parental cross populations and genome-wide association study (GWAS), the construction of a compact and genetically characterized germplasm platform is necessary in the National gene bank. In this study, genetic relationships of the representative core collections (CC) conserved in the National Seedbank of Myanmar were investigated using the genotyping-by-sequencing approach. It was found that the accessions were classified into the three clusters corresponding so-called japonica, indica, and aroma subpopulations. For efficient germplasm screening and gene exploration by GWAS on the indica landrace germplasm in Myanmar, a compact diversity panel designated “G” consisting of the 249 accessions was assembled, and genome-wide nucleotide variants were collected by the whole genome sequencing. The principal component analysis using genome-wide variants revealed that the selected accessions did not have an apparent population structure, but the first and second principal component scores correlated to the latitude and longitude, suggesting that latitude is the more causal factor of the geographical variation within the Myanmar landrace. When the reference genome of the leading variety in Myanmar was used, the mixed model genome-wide association analysis provided higher -log10(p) scores and detected seven peaks of apiculus pigmentation of spikelet. The five peak associations of the seven fall into the linkage disequllibrium blocks or neighbor blocks containing the isolated genes involved in anthocyanin pigmentation in rice. These results demonstrated that the combination of the landrace GWAS of the National seed banks and reference sequences genetically related to the landrace provide better research environments in characterization and gene exploration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».