De Novo Sequencing and Transcriptome Analysis Reveal Genes’ Specific Expression in Chinese Fir (Cunninghamia lanceolata) Callus
Notice bibliographique
Résumé
While the progress made in vitro culture of Chinese fir has produced satisfactory results, further improvements are warranted. To understand the mechanism of somatic embryogenesis (SE) in Chinese fir, we conducted phenotypic observations, physiological and biochemical measurements, and transcriptome analysis of embryonic (EC) and non-embryogenic callus (NEC) to provide a scientific basis for SE in this species. We found that EC and NEC showed significant morphological and physiological-biochemical indicators differences. Compared with NEC, EC had higher levels of soluble protein and proline and lower levels of malondialdehyde (MDA), peroxidase (POD), superoxide dismutase (SOD), and catalase (CAT). Callus transcriptome sequencing assembled 152,229 unigenes, and 438 differentially expressed genes (DEGs) were screened, including transcription factor-related (TFs), DNA methylation-related, cell wall component protein, signal transduction-related, and stress response-related. GO and KEGG enrichment analyses of DEGs identified starch and sucrose, glutathione, and cysteine and methionine metabolism as the most representative pathways significantly enriched in EC and NEC genes and were associated with cell proliferation and embryogenesis. For the first time, the specific patterns of gene expression in Chinese fir callus were found through transcriptome comparison between callus, 16-year-old Chinese fir cambium, and drought-stressed tissue culture seedlings. In Chinese fir callus, 75.1% of genes were co-expressed in 16-year-old Chinese fir cambium and drought-stressed tissue culture seedlings, and 24.9% were only specifically expressed in callus. DEGs from EC and NEC indicated that 68.2 and 31.8% were co-expressed and specifically expressed, respectively. These results provided a basis for Chinese fir rapid propagation, which is expected to have theoretical and practical significance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».