99P Exploratory analysis of differential gene expression (DGE) and non-negative matrix factorisation (NMF) clustering in KATHERINE: Adjuvant trastuzumab emtansine (T-DM1) vs trastuzumab (H) in patients with HER2-positive residual invasive breast cancer after neoadjuvant treatment (NAT)
Notice bibliographique
Résumé
This exploratory biomarker analysis aimed to identify prognostic gene sets in the. T-DM1 and H arms of the phase III KATHERINE study (NCT01772472). RNA sequencing was performed on post-NAT surgical samples. Genes and pathways associated with prognosis were identified using DGE, comparing pts with invasive disease-free survival (iDFS) events with censored pts at a 3-year cut-off, and gene set enrichment analysis (GSEA), using Hallmark, KEGG, xCell, and selected signatures. NMF was used to identify transcriptional subgroups; their association with iDFS was assessed by Cox regression. Association analyses were adjusted for tumour content (TC) and stratification factors. Eight hundred and fifteen samples were included in the analysis. GSEA showed that cell cycle, oxidative phosphorylation and DNA repair gene sets were associated with poor prognosis in both arms; in the H arm, metabolism-related signatures were associated with poor prognosis while immune signatures were associated with good prognosis; and in the T-DM1 arm, apoptosis and epithelial mesenchymal (EM) transition (EMT) gene sets and fibroblast, stroma and endothelial cell scores were associated with good prognosis. Trends were seen for poor prognosis with malignant-specific EM signatures in both arms. NMF clusters are described in the table. Table: 99PCluster, % prevalenceGene and signature expression, TC and association with prognosisiDFS hazard ratio,T-DM1 vs. H (95% confidence interval)CL1, 24.0%Cell cycle and DNA repair-related genes. High TC, higher HER2 and lower ESR1 levels vs. other clusters, poorest prognosis0.42 (0.24, 0.75)CL2, 8.3%Metabolism signatures and keratinisation-related genes0.58 (0.16, 2.19)CL3, 40.6%Focal adhesion, TGFβ, Wnt β catenin, EMT and extracellular matrix-related genes. Low TC, best prognosis0.25 (0.11, 0.57)CL4, 18.5%Oestrogen- and cilium assembly-related genes. High TC, highest ESR1 expression0.49 (0.22, 1.08)CL5, 8.5%Immune-related genes0.65 (0.18, 2.38) Open table in a new tab . Both DGE and NMF approaches identified cell cycle pathway-related and DNA repair genes as associated with poor prognosis in both arms. Stromal genes and high stromal content were associated with good prognosis. The advantage of T-DM1 over H was seen across all NMF clusters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».