Rhizobium acaciae sp. nov., a new nitrogen-fixing symbiovar isolated from root nodules of Acacia saligna in Tunisia
Notice bibliographique
Résumé
Three bacterial strains, 1AS11T, 1AS12 and 1AS13, members of the new symbiovar salignae and isolated from root nodules of Acacia saligna grown in Tunisia, were characterized using a polyphasic approach. All three strains were assigned to the Rhizobium leguminosarum complex on the basis of rrs gene analysis. Phylogenetic analysis based on 1734 nucleotides of four concatenated housekeeping genes (recA, atpD, glnII and gyrB) showed that the three strains were distinct from known rhizobia species of the R. leguminosarum complex and clustered as a separate clade within this complex. Phylogenomic analysis of 92 up-to-date bacterial core genes confirmed the unique clade. The digital DNA–DNA hybridization and blast-based average nucleotide identity values for the three strains and phylogenetically related Rhizobium species ranged from 35.9 to 60.0% and 87.16 to 94.58 %, which were lower than the 70 and 96% species delineation thresholds, respectively. The G+C contents of the strains were 60.82–60.92 mol% and the major fatty acids (>4 %) were summed feature 8 (57.81 %; C18 : 1 ω7c) and C18 : 1 ω7c 11-methyl (13.24%). Strains 1AS11T, 1AS12 and 1AS13 could also be differentiated from their closest described species (Rhizobium indicum, Rhizobium laguerreae and Rhizobium changzhiense) by phenotypic and physiological properties as well as fatty acid content. Based on the phylogenetic, genomic, physiological, genotypic and chemotaxonomic data presented in this study, strains 1AS11T, 1AS12 and 1AS13 represent a new species within the genus Rhizobium and we propose the name Rhizobium acaciae sp. nov. The type strain is 1AS11T (=DSM 113913T=ACCC 62388T).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».