Enregistrement W4377086571 · doi:10.1016/j.cels.2023.04.003

Reproducibility metrics for context-specific CRISPR screens

2023· article· en· W4377086571 sur OpenAlexafffund

Maximilian Billmann, Henry N. Ward, Michael Aregger, Michael Costanzo, Brenda Andrews, Charles Boone, Jason Moffat, Chad L. Myers

Notice bibliographique

RevueCell Systems · 2023

Typearticle

Langueen

DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology

ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering

Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research

Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenOntario Research FoundationCanada Research ChairsNational Human Genome Research InstituteGlaxoSmithKlineNational Institutes of HealthNational Science Foundation

Mots-clésCRISPRReproducibilityContext (archaeology)Computational biologyComputer scienceBiologyGeneticsMathematicsStatisticsGene

DOI10.1016/j.cels.2023.04.003

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,025

score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,115

Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated

Catégories candidatesMétarecherche

Catégories consensuellesaucune

DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune

Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune

GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes

Score de désaccord entre enseignants0,975

Score d'incertitude au seuil0,132

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

Catégorie	Codex	Gemma
Métarecherche	0,025	0,115
Méta-épidémiologie (sens strict)	0,002	0,001
Méta-épidémiologie (sens large)	0,002	0,002
Bibliométrie	0,007	0,005
Études des sciences et des technologies	0,001	0,001
Communication savante	0,004	0,003
Science ouverte	0,003	0,003
Intégrité de la recherche	0,002	0,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)	0,002	0,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031

Tête enseignante GPT0,310

Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail

Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle