Metabarcoding Extends the Distribution of Porphyra corallicola (Bangiales) into the Arctic While Revealing Novel Species and Patterns for Conchocelis Stages in the Canadian Flora
Notice bibliographique
Résumé
Porphyra corallicola was described based on a filamentous red alga inadvertently introduced into culture from a crustose coralline alga. This species is known only in its sporophyte (Conchocelis) stage, being possibly asexual and lacking the charismatic and “collectable” gametophyte stage. Consequently, little is known of its range and distribution. Taxon-targeted metabarcoding was explored as a pathway to gain insights into the vertical (intertidal versus subtidal) and biogeographical distribution of this species, as well as to assess host diversity. We also wanted to ascertain if other species occur in only the Conchocelis stage in the Canadian flora. Primers targeting a short (521 bp) region of the plastid rbcL gene in the Bangiales were used to screen DNA from 285 coralline crusts collected throughout Canada and adjacent waters. In addition to confirming the presence of P. corallicola in the Bay of Fundy, this species was recovered from coralline crusts along the coast of Nova Scotia (n = 1) and in the low Arctic (Labrador; n = 2), greatly extending its range and suggesting it is a cold-water taxon. We have confirmed its presence in both the low intertidal and subtidal (to 10 m), and its occurrence in three different coralline species, suggesting that it lacks host specificity. In total, nine genetic groups of Bangiales were uncovered in our survey, six matching entries currently in GenBank and three apparently novel genetic groups—two from the northeast Pacific and one from the low Arctic. Notable host and ecological patterns are discussed. This method, when further developed, will facilitate the study of Conchocelis stages in nature, which will greatly enhance ecological knowledge of bangialean species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».