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Enregistrement W4377289750 · doi:10.1162/netn_a_00323

Controversies and progress on standardization of large-scale brain network nomenclature

2023· article· en· W4377289750 sur OpenAlexafffund
Lucina Q. Uddin, Richard F. Betzel, Jessica R. Cohen, Jessica S. Damoiseaux, Felipe De Brigard, Simon B. Eickhoff, Alex Fornito, Caterina Gratton, Evan M. Gordon, Angela R. Laird, Linda Larson‐Prior, Anthony R. McIntosh, Lisa D. Nickerson, Luiz Pessoa, Ana Lúısa Pinho, Russell A. Poldrack, Adeel Razi, Sepideh Sadaghiani, James M. Shine, Anastasia Yendiki, B.T. Thomas Yeo, R. Nathan Spreng

Notice bibliographique

RevueNetwork Neuroscience · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensMcGill UniversityWestern UniversitySimon Fraser University
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of Mental HealthNational Institute on AgingNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchNational Science FoundationNational Institutes of HealthEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute on Drug AbuseCanada First Research Excellence Fund
Mots-clésWorkgroupStandardizationTerminologyNeuroinformaticsData scienceNetwork scienceTaxonomy (biology)NomenclatureField (mathematics)Computer scienceComplex networkWorld Wide WebBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Progress in scientific disciplines is accompanied by standardization of terminology. Network neuroscience, at the level of macroscale organization of the brain, is beginning to confront the challenges associated with developing a taxonomy of its fundamental explanatory constructs. The Workgroup for HArmonized Taxonomy of NETworks (WHATNET) was formed in 2020 as an Organization for Human Brain Mapping (OHBM)-endorsed best practices committee to provide recommendations on points of consensus, identify open questions, and highlight areas of ongoing debate in the service of moving the field toward standardized reporting of network neuroscience results. The committee conducted a survey to catalog current practices in large-scale brain network nomenclature. A few well-known network names (e.g., default mode network) dominated responses to the survey, and a number of illuminating points of disagreement emerged. We summarize survey results and provide initial considerations and recommendations from the workgroup. This perspective piece includes a selective review of challenges to this enterprise, including (1) network scale, resolution, and hierarchies; (2) interindividual variability of networks; (3) dynamics and nonstationarity of networks; (4) consideration of network affiliations of subcortical structures; and (5) consideration of multimodal information. We close with minimal reporting guidelines for the cognitive and network neuroscience communities to adopt.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,375
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,485
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,625
Score d'incertitude au seuil0,771

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,3750,485
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0150,018
Études des sciences et des technologies0,0070,022
Communication savante0,0170,041
Science ouverte0,0100,015
Intégrité de la recherche0,0040,011
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSans objet
DomaineMéthodes
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations118
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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