British Columbia freshwater salmon hatcheries demonstrate minimal contribution to piscine orthoreovirus (PRV) regional occurrence with no evidence for nonendemic strain introductions
Notice bibliographique
Résumé
Piscine orthoreovirus genotype 1 (PRV-1) is a common virus in farmed and wild salmon in the northeastern Pacific Ocean. Its regional occurrence in freshwater is far less clear. From 2019 to 2021, tissues of 5619 juvenile anadromous salmon (primarily Atlantic, Chinook, and coho) sampled from 12 commercial and 27 enhancement British Columbia hatcheries during 83 sampling events were screened for PRV-1 prior to seawater entry. More than 2200 (∼40%) were also screened using a Pan-PRV assay targeting all known PRV genotypes. PRV-1 was detected in four coho salmon at two freshwater enhancement facilities and in one Chinook salmon at a commercial facility. Partial (S1 segment) genome sequencing identified detections to be of the PRV-1 subgenotype endemic to the northeastern Pacific. PRV-1 was not detected (5611 individuals; 99.9%) or test results were inconclusive (3 individuals; 0.05%) for all remaining samples screened for PRV-1. PRV-2 and PRV-3 were not detected using the Pan-PRV assay. It is concluded that commercial and enhancement freshwater hatcheries of British Columbia contribute minimally to the prevalence and persistence of PRV-1 in anadromous salmon of the northeastern Pacific, and these hatcheries appear not to have contracted or participated in the distribution of nonendemic forms of PRV in recent years.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».