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Enregistrement W4377694072 · doi:10.1101/2023.05.22.541227

A chemical genetic screen uncovers novel seed priming agents capable of persistent perturbation of anthocyanin regulation in <i>Arabidopsis thaliana</i>

2023· preprint· en· W4377694072 sur OpenAlexafffund
Katrina M. Hiiback, Malcolm M. Campbell

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Parasitism and Resistance
Établissements canadiensUniversity of GuelphUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesUniversity of Toronto
Mots-clésAnthocyaninPriming (agriculture)Abiotic componentBiologyStimulus (psychology)EpigeneticsAbiotic stressComputational biologyGeneticsBotanyGenePsychologyGerminationEcologyCognitive psychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Priming is a general term for a phenomenon in which exposure to an early environmental stimulus results in a more rapid or vigorous response when the plant is exposed to subsequent challenges. Various types of priming have been described: ‘systemic acquired resistance’ against biotic stimuli, ‘epigenetic stress memory’ induced by repeated abiotic stimuli, and ‘seed priming’ treatments which apply water and additional adjuncts to seeds to improve crop performance. Using a high-throughput chemical genomic approach, thousands of small molecules were screened to identify compounds capable of ‘chemical priming’, asking if these could serve as artificial environments to persistently induce altered response to later abiotic challenges when applied as seed treatments. Attenuation of expected visual anthocyanin accumulation was chosen as a screening phenotype due to the visual nature of these pigments, as well as their biological roles in development and stress response. Several novel structural categories of molecules were identified that had the ability to reduce total anthocyanin accumulation in 7-18-day old seedlings induced by later low temperature challenge, persisting days after the removal of the compounds. Application variables were explored with thought to future use of the priming compounds as functional treatments: a dose-dependent relationship was established, additional effects on growth and development were documented to ensure minimal detrimental side effects on the treated plants, and the necessary temporal window of treatment was explored and reduced. Cross testing of the priming treatments identified by low temperature screening for ability to reduce anthocyanin induction by alternative exogenous and endogenous conditions showed consistent attenuative effect and revealed that the effect of priming on this metabolic phenotype was not specific to low temperature response. The presented research represents a proof-of-concept for the functional potential of seed priming with novel compounds, and highlights anthocyanin accumulation as a flexible component of plant stress response.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,208
Écart entre enseignants0,181 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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