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Enregistrement W4378085633 · doi:10.5376/cmb.2022.12.0004

Cloning and Expression Analysis of Phytoene Desaturase (PDS) Gene from Mango (<i>Mangifera indica</i> L)

2022· article· en· W4378085633 sur OpenAlexvenueno aff
Kaili Yu, Zhichang Zhao, Aiping Gao, Ruixiong Luo, Jianfeng Huang, Mengyun Zhang, Maofu Li

Notice bibliographique

RevueComputational Molecular Biology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant biochemistry and biosynthesis
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Key Research and Development Program of ChinaChinese Academy of Tropical Agricultural SciencesNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésPhytoene desaturasePhytoene synthaseBiologyValineOpen reading frameBiochemistryGeneAmino acidComplementary DNACarotenoidHypothetical proteinGene expressionPeptide sequenceMolecular biologyBiosynthesis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Phytoene desaturase (PDS) affects the synthesis of carotenoids. It is a key gene in the carotenoids biosynthesis pathway. In order to study the function of PDS  gene from mango fruits, the phytoene dehydrogenase ( PDS ) gene of ‘Guifei’ mango fruit was obtained with RACE methods. The full-length cDNA sequence of the gene is 1 820 bp, open reading frame is 1 650 bp, encoding 549 amino acids, the molecular weight is 61.34 KD, and the isoelectric point is 6.78. It was cluster analysis found that the mango PDS protein had a close relationship with grapefruit, cantaloupe, and papaya. Its amino acid composition is mainly alanine (ALa), leucine (Leu), valine (Val), and so on. Expression of PDS  gene in different varieties by PCR showed: the high expression of the red ‘Guifei’ varieties and the expression of green mango varieties with low volume. Prediction of the domain, tertiary structure, and interaction protein of its protein, found to contain phytoene-desat, PLNO2487 superfamily, and other domains. The use of the STRING database found PDS interacted with proteins such as PSY, ZDS, and CRTISO. This research will be valuable for understanding the molecular mechanism of gene regulation in carotenoid biosynthesis and can be served as the basis for the metabolic engineering of mango.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,021
Score d'incertitude au seuil0,936

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
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Résumé présentoui

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