The sequestration of miR-642a-3p by a complex formed by HIV-1 Gag and human Dicer increases AFF4 expression and viral production
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Micro (mi)RNAs are critical regulators of gene expression in human cells, the functions of which can be affected during viral replication. Here, we show that the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) structural precursor Gag protein interacts with the miRNA processing enzyme Dicer. RNA immunoprecipitation and sequencing experiments show that Gag modifies the retention of a specific miRNA subset without affecting Dicer’s pre- miRNA processing activity. Among the retained miRNAs, miR-642a-3p shows an enhanced occupancy on Dicer in the presence of Gag and is predicted to target AFF4 mRNA, which encodes an essential scaffold protein for HIV-1 transcriptional elongation. miR-642a-3p gain- or loss-of-function negatively or positively regulates AFF4 protein expression at mRNA and protein levels with concomitant modulations of HIV-1 production, consistent with an antiviral activity. By sequestering miR-642a-3p with Dicer, Gag enhances AFF4 expression and HIV- 1 production without affecting miR-642a-3p levels. These results identify miR-642a-3p as a strong suppressor of HIV-1 replication and uncover a novel mechanism by which a viral structural protein directly disrupts an miRNA function for the benefit of its own replication. IMPORTANCE: Virus-host relationships occur at different levels and the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) can modify the expression of microRNAs in different cells. Here, we identify a virus- host interaction between the HIV-1 structural protein Gag and the miRNA-processing enzyme Dicer. Gag does not affect the microRNA processing function of Dicer but affects the functionality of a subset of microRNAs that are enriched on the Dicer-Gag complex compared to on Dicer alone. We show that miR-642a-3p, the most enriched microRNA on the Dicer- Gag complex targets and degrades AFF4 mRNA coding for a protein from the super transcription elongation complex, essential for HIV-1 and cellular transcription. Interestingly, the silencing capacity by miR-642a-3p is hindered by Gag and heightened in its absence, consequently affecting HIV-1 transcription. These findings unveil a new paradigm that a microRNA function rather than its abundance can be affected by a viral protein through its enhanced retention on Dicer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».