Conformational Distributions of Phenyl β-D-Glucopyranoside and Gastrodin in Solution by Vibrational Optical Activity and Theoretical Calculations
Notice bibliographique
Résumé
The conformational landscapes of two highly flexible monosaccharide derivatives, namely phenyl β-D-glucopyranoside (ph-β-glu) and 4-(hydroxymethyl)phenyl β-D-glucopyranoside, also commonly known as gastrodin, were explored using a combined experimental and theoretical approach. For the infrared, Raman, and the associated vibrational optical activity (VOA), i.e., vibrational circular dichroism and Raman optical activity, experiments of these two compounds in DMSO and in water were carried out. Extensive and systematic conformational searches were performed using a recently developed conformational searching tool called CREST (conformer-rotamer ensemble sampling tool) in the two solvents. Fourteen and twenty-four low-energy conformers were identified at the DFT level for ph-β-glu and gastrodin, respectively. The spectral simulations of individual conformers were done at the B3LYP-D3BJ/def2-TZVPD level with the polarizable continuum model of the solvents. The VOA spectral features exhibit much higher specificity to conformational differences than their parent infrared and Raman. The excellent agreements achieved between the experimental and simulated VOA spectra allow for the extraction of experimental conformational distributions of these two carbohydrates in solution directly. The experimental percentage abundances based on the hydroxymethyl (at the pyranose ring) conformations G+, G-, and T for ph-β-glu were obtained to be 15%, 75%, and 10% in DMSO and 53%, 40%, and 7% in water, respectively, in comparison to the previously reported gas phase values of 68%, 25%, and 7%, highlighting the important role of solvents in conformational preferences. The corresponding experimental distributions for gastrodin are 56%, 22%, and 22% in DMSO and 70%, 21%, and 9% in water.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».