Genomic and machine learning‐based screening of aquaculture‐associated introgression into at‐risk wild North American Atlantic salmon ( <i>Salmo salar</i> ) populations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The negative genetic impacts of gene flow from domestic to wild populations can be dependent on the degree of domestication and exacerbated by the magnitude of pre‐existing genetic differences between wild populations and the domestication source. Recent evidence of European ancestry within North American aquaculture Atlantic salmon ( Salmo salar ) has elevated the potential impact of escaped farmed salmon on often at‐risk wild North American salmon populations. Here, we compare the ability of single nucleotide polymorphism (SNP) and microsatellite (SSR) marker panels of different sizes (7‐SSR, 100‐SSR and 220K‐SNP) to detect introgression of European genetic information into North American wild and aquaculture populations. Linear regression comparing admixture predictions for a set of individuals common to the three datasets showed that the 100‐SSR panel and 7‐SSR panels replicated the full 220K‐SNP‐based admixture estimates with low accuracy ( r 2 of .64 and .49, respectively). Additional tests explored the effects of individual sample size and marker number, which revealed that ~300 randomly selected SNPs could replicate the 220K‐SNP admixture predictions with greater than 95% fidelity. We designed a custom SNP panel (301‐SNP) for European admixture detection in future monitoring work and then developed and tested a python package, salmoneuadmix ( https://github.com/CNuge/SalmonEuAdmix ), which uses a deep neural network to make de novo estimates of individuals' European admixture proportion without the need to conduct complete admixture analysis utilizing baseline samples. The results demonstrate the mobilization of targeted SNP panels and machine learning in support of at‐risk species conservation and management.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».