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Enregistrement W4378715818 · doi:10.1038/s41467-023-38668-2

From a drug repositioning to a structure-based drug design approach to tackle acute lymphoblastic leukemia

2023· article· en· W4378715818 sur OpenAlexaff
Magalí Sáez‐Ayala, Laurent Hoffer, Sébastien Abel, Khaoula Ben Yaala, Benoit Sicard, Guillaume P. Andrieu, Mehdi Latiri, Emma K. Davison, Marco A. Ciufolini, Paul Brémond, E. Rebuffet, Philippe Roche, Carine Derviaux, Edwige Voisset, Camille Montersino, Rémy Castellano, Yves Collette, Vahid Asnafi, S. Betzi, Patrice Dubreuil, Sébastien Combes, Xavier Morelli

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBiochemical and Molecular Research
Établissements canadiensSimon Fraser UniversityOkanagan University CollegeUniversity of British Columbia, Okanagan CampusUniversity of British ColumbiaOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesSociété d'Accélération du Transfert de TechnologiesFrench Infrastructure for Integrated Structural BiologyH2020 Marie Skłodowska-Curie ActionsLigue Contre le CancerFondation de FranceFondation ARC pour la Recherche sur le CancerEuropean Synchrotron Radiation FacilityAgence Nationale de la RechercheNational Cancer InstituteInstitut National Du CancerUniversity of Auckland
Mots-clésNucleotide salvageDrug discoveryDrugCancer researchLymphoblastic LeukemiaComputational biologyDrug developmentLeukemiaChemistryPharmacologyBiologyBiochemistryNucleotideGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cancer cells utilize the main de novo pathway and the alternative salvage pathway for deoxyribonucleotide biosynthesis to achieve adequate nucleotide pools. Deoxycytidine kinase is the rate-limiting enzyme of the salvage pathway and it has recently emerged as a target for anti-proliferative therapies for cancers where it is essential. Here, we present the development of a potent inhibitor applying an iterative multidisciplinary approach, which relies on computational design coupled with experimental evaluations. This strategy allows an acceleration of the hit-to-lead process by gradually implementing key chemical modifications to increase affinity and activity. Our lead compound, OR0642, is more than 1000 times more potent than its initial parent compound, masitinib, previously identified from a drug repositioning approach. OR0642 in combination with a physiological inhibitor of the de novo pathway doubled the survival rate in a human T-cell acute lymphoblastic leukemia patient-derived xenograft mouse model, demonstrating the proof-of-concept of this drug design strategy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,023
Score d'incertitude au seuil0,724

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,299
Écart entre enseignants0,282 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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