Analysis of the microglia transcriptome across the human lifespan using single cell RNA sequencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Microglia are tissue resident macrophages with a wide range of critically important functions in central nervous system development and homeostasis. METHOD: In this study, we aimed to characterize the transcriptional landscape of ex vivo human microglia across different developmental ages using cells derived from pre-natal, pediatric, adolescent, and adult brain samples. We further confirmed our transcriptional observations using ELISA and RNAscope. RESULTS: We showed that pre-natal microglia have a distinct transcriptional and regulatory signature relative to their post-natal counterparts that includes an upregulation of phagocytic pathways. We confirmed upregulation of CD36, a positive regulator of phagocytosis, in pre-natal samples compared to adult samples in situ. Moreover, we showed adult microglia have more pro-inflammatory signature compared to microglia from other developmental ages. We indicated that adult microglia are more immune responsive by secreting increased levels of pro-inflammatory cytokines in response to LPS treatment compared to the pre-natal microglia. We further validated in situ up-regulation of IL18 and CXCR4 in human adult brain section compared to the pre-natal brain section. Finally, trajectory analysis indicated that the transcriptional signatures adopted by microglia throughout development are in response to a changing brain microenvironment and do not reflect predetermined developmental states. CONCLUSION: In all, this study provides unique insight into the development of human microglia and a useful reference for understanding microglial contribution to developmental and age-related human disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».