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Enregistrement W4378902851 · doi:10.1038/s41467-023-38841-7

In vivo CRISPR screens reveal Serpinb9 and Adam2 as regulators of immune therapy response in lung cancer

2023· article· en· W4378902851 sur OpenAlexafffund
Dzana Dervovic, Ahmad Malik, Edward L.Y. Chen, Masahiro Narimatsu, Nina Adler, Somaieh Afiuni‐Zadeh, Dagmar Krenbek, Sébastien Martinez, Ricky Tsai, Jonathan Boucher, Jacob M. Berman, Katie Teng, Arshad Ayyaz, YiQing Lü, Geraldine Mbamalu, Sampath K. Loganathan, Jongbok Lee, Li Zhang, Cynthia J. Guidos, Jeffrey L. Wrana, Arschang Valipour, Philippe P. Roux, Jüri Reimand, Hartland W. Jackson, Daniel Schramek

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related molecular mechanisms research
Établissements canadiensMcGill UniversityUniversity of CalgaryUniversité de MontréalInstitute for Research in Immunology and CancerOntario Institute for Cancer ResearchToronto General HospitalUniversity Health NetworkUniversity of TorontoLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesCIHR Skin Research Training CentreFonds de Recherche du Québec - SantéCanadian Cancer Society Research InstituteCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenTerry Fox Research InstituteKrembil FoundationUniversity of TorontoGovernment of Canada
Mots-clésCRISPRIn vivoImmune systemCancerCancer researchBiologyLung cancerComputational biologyMedicineBioinformaticsImmunologyPathologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract How the genetic landscape governs a tumor’s response to immunotherapy remains poorly understood. To assess the immune-modulatory capabilities of 573 genes associated with altered cytotoxicity in human cancers, here we perform CRISPR/Cas9 screens directly in mouse lung cancer models. We recover the known immune evasion factors Stat1 and Serpinb9 and identify the cancer testis antigen Adam2 as an immune modulator, whose expression is induced by Kras G12D and further elevated by immunotherapy. Using loss- and gain-of-function experiments, we show that ADAM2 functions as an oncogene by restraining interferon and TNF cytokine signaling causing reduced presentation of tumor-associated antigens. ADAM2 also restricts expression of the immune checkpoint inhibitors PDL1, LAG3, TIGIT and TIM3 in the tumor microenvironment, which might explain why ex vivo expanded and adoptively transferred cytotoxic T-cells show enhanced cytotoxic efficacy in ADAM2 overexpressing tumors. Together, direct in vivo CRISPR/Cas9 screens can uncover genetic alterations that control responses to immunotherapies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,112
Score d'incertitude au seuil0,497

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,360
Écart entre enseignants0,347 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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