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Enregistrement W4378906348 · doi:10.3389/fcimb.2023.1151069

m6A reader proteins: the executive factors in modulating viral replication and host immune response

2023· review· en· W4378906348 sur OpenAlexaff
Decheng Yang, Guangze Zhao, Huifang Mary Zhang

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Cellular and Infection Microbiology · 2023
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA modifications and cancer
Établissements canadiensSt. Paul's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyRNARNA-binding proteinHeterogeneous nuclear ribonucleoproteinViral replicationViral life cycleGeneRibonucleoproteinGeneticsGene expressionComputational biologyCell biologyVirus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

N 6 -Methyladenosine (m 6 A) modification is the most abundant covalent modification of RNA. It is a reversible and dynamic process induced by various cellular stresses including viral infection. Many m 6 A methylations have been discovered, including on the genome of RNA viruses and on RNA transcripts of DNA viruses, and these methylations play a positive or negative role on the viral life cycle depending on the viral species. The m 6 A machinery, including the writer, eraser, and reader proteins, achieves its gene regulatory role by functioning in an orchestrated manner. Notably, data suggest that the biological effects of m 6 A on target mRNAs predominantly depend on the recognition and binding of different m 6 A readers. These readers include, but are not limited to, the YT521-B homology (YTH) domain family, heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (HNRNPs), insulin-like growth factor 2 mRNA-binding proteins (IGF2BPs), and many others discovered recently. Indeed, m 6 A readers have been recognized not only as regulators of RNA metabolism but also as participants in a variety of biological processes, although some of these reported roles are still controversial. Here, we will summarize the recent advances in the discovery, classification, and functional characterization of m 6 A reader proteins, particularly focusing on their roles and mechanisms of action in RNA metabolism, gene expression, and viral replication. In addition, we also briefly discuss the m 6 A-associated host immune responses in viral infection.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,986
Score d'incertitude au seuil0,795

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,283
Écart entre enseignants0,260 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations32
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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