MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4378908780 · doi:10.3389/fpls.2023.1175552

A cAMP phosphodiesterase is essential for sclerotia formation and virulence in Sclerotinia sclerotiorum

2023· article· en· W4378908780 sur OpenAlexafffund
Yan Xu, Yilan Qiu, Yuelin Zhang, Xin Li

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Plant Science · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant pathogens and resistance mechanisms
Établissements canadiensCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaAgricultural Research ServiceHuazhong Agricultural UniversityU.S. Department of Agriculture
Mots-clésSclerotinia sclerotiorumVirulenceBiologyMutantNicotiana benthamianaAbscisic acidGeneMutagenesisPathogenGeneticsMicrobiologyBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Sclerotinia sclerotiorum is a plant pathogenic fungus that causes white mold or stem rot diseases. It affects mostly dicotyledonous crops, resulting in significant economic losses worldwide. Sclerotia formation is a special feature of S. sclerotiorum , allowing its survival in soil for extended periods and facilitates the spread of the pathogen. However, the detailed molecular mechanisms of how sclerotia are formed and how virulence is achieved in S. sclerotiorum are not fully understood. Here, we report the identification of a mutant that cannot form sclerotia using a forward genetics approach. Next-generation sequencing of the mutant’s whole genome revealed candidate genes. Through knockout experiments, the causal gene was found to encode a cAMP phosphodiesterase (SsPDE2). From mutant phenotypic examinations, we found that SsPDE2 plays essential roles not only in sclerotia formation, but also in the regulation of oxalic acid accumulation, infection cushion functionality and virulence. Downregulation of SsSMK1 transcripts in Sspde2 mutants revealed that these morphological defects are likely caused by cAMP-dependent inhibition of MAPK signaling. Moreover, when we introduced HIGS construct targeting SsPDE2 in Nicotiana benthamiana , largely compromised virulence was observed against S. sclerotiorum . Taken together, SsPDE2 is indispensable for key biological processes of S. sclerotiorum and can potentially serve as a HIGS target to control stem rot in the field.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,814
Score d'incertitude au seuil0,264

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,195 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueFrontiers in Plant ScienceMême sujetPlant pathogens and resistance mechanismsTravaux en français237 207