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Enregistrement W4379057922 · doi:10.1186/s13326-023-00286-8

Features of a FAIR vocabulary

2023· article· en· W4379057922 sur OpenAlexaff
Fuqi Xu, Nick Juty, Carole Goble, Simon Jupp, Helen Parkinson, Mélanie Courtot

Notice bibliographique

RevueJournal of Biomedical Semantics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueResearch Data Management Practices
Établissements canadiensUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilEuropean CommissionEOSC-LifeEuropean Molecular Biology LaboratoryEuropean Bioinformatics Institute
Mots-clésVocabularyComputer scienceInteroperabilityControlled vocabularyInformation retrievalData scienceWorld Wide WebLinguistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The Findable, Accessible, Interoperable and Reusable(FAIR) Principles explicitly require the use of FAIR vocabularies, but what precisely constitutes a FAIR vocabulary remains unclear. Being able to define FAIR vocabularies, identify features of FAIR vocabularies, and provide assessment approaches against the features can guide the development of vocabularies. RESULTS: We differentiate data, data resources and vocabularies used for FAIR, examine the application of the FAIR Principles to vocabularies, align their requirements with the Open Biomedical Ontologies principles, and propose FAIR Vocabulary Features. We also design assessment approaches for FAIR vocabularies by mapping the FVFs with existing FAIR assessment indicators. Finally, we demonstrate how they can be used for evaluating and improving vocabularies using exemplary biomedical vocabularies. CONCLUSIONS: Our work proposes features of FAIR vocabularies and corresponding indicators for assessing the FAIR levels of different types of vocabularies, identifies use cases for vocabulary engineers, and guides the evolution of vocabularies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,047
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,139
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesScience ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,998
Score d'incertitude au seuil0,251

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0470,139
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0090,005
Études des sciences et des technologies0,0050,011
Communication savante0,0110,021
Science ouverte0,0020,010
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,049
Tête enseignante GPT0,351
Écart entre enseignants0,302 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2023
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Résumé présentoui

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