Polyproline type II helical antifreeze proteins are widespread in Collembola and likely originated over 400 million years ago in the Ordovician Period
Notice bibliographique
Résumé
Antifreeze proteins (AFPs) bind to ice crystals to prevent organisms from freezing. A diversity of AFP folds has been found in fish and insects, including alpha helices, globular proteins, and several different beta solenoids. But the variety of AFPs in flightless arthropods, like Collembola, has not yet been adequately assessed. Here, antifreeze activity was shown to be present in 18 of the 22 species of Collembola from cold or temperate zones. Several methods were used to characterize these AFPs, including isolation by ice affinity purification, MALDI mass spectrometry, amino acid composition analysis, tandem mass spectrometry sequencing, transcriptome sequencing, and bioinformatic investigations of sequence databases. All of these AFPs had a high glycine content and were predicted to have the same polyproline type II helical bundle fold, a fold unique to Collembola. These Hexapods arose in the Ordovician Period with the two orders known to produce AFPs diverging around 400 million years ago during the Andean-Saharan Ice Age. Therefore, it is likely that the AFP arose then and persisted in many lineages through the following two ice ages and intervening warm periods, unlike the AFPs of fish which arose independently during the Cenozoic Ice Age beginning ~ 30 million years ago.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».