Abstract A047: Panorama of complex structural variants in primary localized prostate cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Prostate cancer (PCa) is a hormone-driven disease characterized by an abundance of structural variations (SV). Deconvolving the SV patterns can both inform on prior mutational processes leading to cancer, and be leveraged to identify patients with more aggressive disease. Under the auspices of the Pan Prostate Cancer Group (PPCG) consortium, we used whole genome sequencing of 812 treatment naive PCa patients to study both simple and complex SVs. In total, we classified 15,708 simple SVs and 1,448 complex SV events. Complex SVs such as chromothripsis, chromoplexy and templated insertion were found in more than half of the cohort. We also detected tandem duplicator phenotype (TDP) in a subset of the patients associated with CDK12 aberrations. Breakpoint recurrence analysis of driver genes revealed disruption of e.g. PTEN and formation of TMPRSS2-ERG fusion genes frequently coincide with occurrences of specific complex SV types, suggesting specific mutational processes driving these alterations of these cancer genes. Based on the simple and complex SV classifications we extracted six SV signatures, including two TDP-like signatures, distinct deletion-specific SV signatures and a signature characteristic of AR binding sites. We found signatures associated with disease markers, including Gleason score, risk scores, as well as age. Together, these findings provide insights into mechanisms driving SV formation and driver gene alterations in PCa, with potential for identifying markers of aggressive disease. Citation Format: André Olsen, Francesco Favero, Yilong Li, Etsehiwot Girma, Breon Feran, Tony Papenfuss, Kristian Helin, Jüri Reimand, Joachim Weischenfeldt. Panorama of complex structural variants in primary localized prostate cancer [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Advances in Prostate Cancer Research; 2023 Mar 15-18; Denver, Colorado. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2023;83(11 Suppl):Abstract nr A047.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».