MicroRNA profiling of the feline left heart identifies chamber-specific expression signatures in health and in advanced hypertrophic cardiomyopathy
Notice bibliographique
Résumé
Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is a common heart disease in humans and cats, nonetheless, the disease pathogenesis is still poorly understood. MicroRNAs are suspected to be involved in the disease process but the myocardial microRNA expression pattern in cats has not been identified. We hypothesized that microRNA profiles differ between healthy cats and cats with HCM. Small RNA sequencing on left ventricle (LV) and left atria (LA) samples from healthy cats (8 LV, 8 LA) and cats with HCM (7 LV, 5 LA) was performed. We identified 1039 differentially expressed microRNAs (False Discovery Rate <0.01, fold change >2). Cats with HCM were found to have a distinct microRNA expression profile with apparent regional heterogeneity. Comparing the HCM and control hearts, we detected 80 differentially expressed microRNAs for the HCM LV, and 37 for the LA. These included LV and LA enriched miR-21, miR-146b, and reduced miR-122-5p, which were recently suggested as key microRNAs for the HCM pathogenesis, and miR-132, which might be of therapeutic interest. Several top enriched microRNAs: miR-3958, miR-382-5p, miR-487a-5p (HCM LV); miR-chrD4_30107-3p (HCM LA); miR-3548 (HCM LV and LA) have either not been reported in the heart or only little is known. We identified potentially relevant microRNAs and further investigations into their role are required. Genes known to be targeted by the differentially expressed microRNAs were associated with inflammation and growth pathways in the HCM LV and LA, cardioprotective pathways in the LV, and fibrosis and structural changes in the LA when compared to healthy hearts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».