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Enregistrement W4379276041 · doi:10.1093/bioadv/vbad068

DataCurator.jl: efficient, portable and reproducible validation, curation and transformation of large heterogeneous datasets using human-readable recipes compiled into machine-verifiable templates

2023· article· en· W4379276041 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueBioinformatics Advances · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineDecision Sciences
ThématiqueScientific Computing and Data Management
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaSimon Fraser University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer scienceExecutableScalabilityPython (programming language)PreprocessorWorkflowData miningVerifiable secret sharingData curationDatabaseProgramming language

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Large-scale processing of heterogeneous datasets in interdisciplinary research often requires time-consuming manual data curation. Ambiguity in the data layout and preprocessing conventions can easily compromise reproducibility and scientific discovery, and even when detected, it requires time and effort to be corrected by domain experts. Poor data curation can also interrupt processing jobs on large computing clusters, causing frustration and delays. We introduce DataCurator, a portable software package that verifies arbitrarily complex datasets of mixed formats, working equally well on clusters as on local systems. Human-readable TOML recipes are converted into executable, machine-verifiable templates, enabling users to easily verify datasets using custom rules without writing code. Recipes can be used to transform and validate data, for pre- or post-processing, selection of data subsets, sampling and aggregation, such as summary statistics. Processing pipelines no longer need to be burdened by laborious data validation, with data curation and validation replaced by human and machine-verifiable recipes specifying rules and actions. Multithreaded execution ensures scalability on clusters, and existing Julia, R and Python libraries can be reused. DataCurator enables efficient remote workflows, offering integration with Slack and the ability to transfer curated data to clusters using OwnCloud and SCP. Code available at: https://github.com/bencardoen/DataCurator.jl.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,293
Score d'incertitude au seuil0,582

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,003
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,098
Tête enseignante GPT0,407
Écart entre enseignants0,309 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle