Intestinal microbiome characterization in immune checkpoint inhibition (ICI) resistant disease.
Notice bibliographique
Résumé
2515 Background: The gut microbiome modifies response to ICI treatment. Despite durable response rates seen with ICI, most pts do not benefit from treatment (primary resistance) or have only a period of disease control (acquired resistance). The Immune Resistance Interrogation Study (IRIS, NCT03702309) is a prospective pan-cancer study that aims at characterizing ICI-resistant disease through multiomic and gut microbial composition profiling. Herein we compare the gut microbial diversity of pts with PR vs AR to PD-1/PD-L1 based treatment as part of the wider IRIS framework. Methods: Patients who progressed after anti-PD1/PD-L1-based ICI were classified into 2 groups. Acquired resistance (AR): complete response (CR), partial response (PR) or stable disease (SD) for ≥6 months (m) with subsequent (PD) or PD after ≥3m from last dose of adjuvant ICI; or primary resistance (PR): PD at first imaging, SD but progressed ≤6m or progression ≤3m from last dose of adjuvant ICI. Stool samples were collected at time of PD and underwent DNA extraction and metagenomic sequencing. Species-level Shannon diversity indices were calculated and compared using unpaired Wilcoxon test. Principal component analysis (PCA) of Bray-Curtis dissimilarity indices was performed to assess differences in taxonomic composition. Results: Stool samples from 62 pts (PR n=38; AR n=24) were evaluated. Tumor types were melanoma n=37 (60%), head and neck n=17/62 (27%), gastrointestinal n=3/62 (5%), gynaecological n=2/62 (3%) and other n=3/61 (5%). Most pts n=59/62 (95%) were treated with palliative intent, and n= 3/62 (5%) with adjuvant therapy. Anti-PD-1/PD-L1 monotherapy was received by 32/62 (52%) pts and n=30/62 (48%) received combination anti-PD-1/PD-L1 with either anti-CTLA-4 inhibition, experimental immunotherapy, chemotherapy, or targeted treatment. The median Shannon diversity index was similar between pts with PR (median: 3.5; range: 2.5 - 4.3) vs AR (median: 3.4; range: 0.9 – 3.9; p = 0.7). There were no differences in composition by group by PCA of Bray-Curtis dissimilarity indices. Abundance testing did not reveal any differentially abundant species between pts with AR vs PR while controlling for antibiotic use within 1m of sampling and type of treatment. No taxa were significantly different between AR and PR; top taxa per group are shown. Conclusions: Primary analysis showed no significant differences in gut microbial composition between primary vs acquired resistance to ICI. Comparative analysis between ICI-resistance samples and ICI-naïve samples from historical patient cohorts is underway. These results will be collated with other analyses from IRIS to create a multi-modal characterisation of ICI resistance. Clinical trial information: NCT03702309 . [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».