Serial multiomic analysis in advanced breast cancer: A novel platform to inform therapeutic decisions.
Notice bibliographique
Résumé
e13001 Background: We designed and implemented a platform wherein patients with metastatic treatment-refractory cancer would receive individually tailored treatment informed by multi-omic data and iteratively adapted in real-time. Here we describe the workflow of this platform and quantify operational characteristics for a metastatic breast cancer cohort. Methods: Participants with metastatic breast cancer progressing after standard-of-care therapy were enrolled. Sites demonstrating disease progression were targeted for biopsy. Resultant tissue was analyzed by a next-generation sequencing (NGS) solid tumor panel, whole exome sequencing, whole transcriptomic sequencing, multiplex protein analysis of a panel of cancer-relevant proteins and phosphoproteins, and focused immunohistochemistry (IHC) and fluorescence in-situ hybridization (FISH) analysis. Results: Between 1/1/2017 to 12/31/2021, 74 participants were consented and 55 were enrolled. Median age at enrollment was 54 years, most were ECOG 0-1, and received a median of 2 lines of therapy in the metastatic setting. There were 95 biopsies collected from 55 individual participants and analytics were successfully generated in 94% of the cases. At the provider’s request, an integrated clinical, molecular, and cancer biology tumor board (TB) was convened for 25 participants. A total of 21 participants received matched therapy based on clinical parameters coupled to a consideration of biologically informed therapeutic vulnerabilities and 6 had a PFS2/PFS1 > 1.3. Twenty-one participants had a median of 2 repeat progression biopsies (range 2-5) and new alterations with potential therapeutic implications were identified. Repeat biopsies could have led to a new treatment in 11 of the participants, though only 3 received a therapy recommended by the tumor board owing to either rapid disease progression, clinical deterioration, or lack of access to drug. Conclusions: We demonstrated the practical feasibility and initial operating characteristics of a platform designed to comprehensively understand and integrate the clinical and molecular characteristics of a cohort with metastatic progressive breast cancer as they evolve on therapy and to use this information to deliver iteratively tailored therapy in real time. Further, clinical responses were observed in a subset of participants. These findings suggest an opportunity to incorporate this platform earlier in a disease course or to design adaptive clinical trials with access to therapies aimed at targeting new biological alteration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».