Impact of overfixation on actionable biomarkers and checkpoint inhibitor (CKI) targets with immunohistochemistry (IHC) in a patient population with non-small cell lung cancer (NSCLC).
Notice bibliographique
Résumé
e15144 Background: The treatment of patients with advanced NSCLC has become reliant on tissue specimens and biomarkers to help guide appropriate treatment options. Currently, there are numerous lung cancer biomarker-defined patient subgroups, with evidence showing that fixation conditions may alter their expression on FFPE specimens, but little evidence on the ensemble of targetable biomarkers and CKI targets. Methods: We assessed 30 adult patients with primary NSCLC tumors. 25 specimens were properly fixed with neutral 10% formalin using gentle agitation for 24-48 hours, whereas 5 specimens were over-fixed (52-108 hours). We examined expression of actionable and exploratory biomarkers ALK, ROS1, BRAF, EGFR, c-Met, panTRK, HER2 and MEK1. We also examined CKI targets such as PDL1, CD3/CD8, CD3/CD8/FoxP3, PD1, CD3/CD8/PD1. We performed IHC on all slides which were scored by a thoracic pathologist per standard clinical practice. Descriptive statistics were applied to further explore the impact of overfixation on IHC results. Results: Results are shown in the table below. Patients had an average age of 64, were mostly male (22/30) with adenocarcinoma histology (21/30). Specimens were collected in compliance with local rules and regulations and tumor staging was from IB-IV. For the 5 overfixed specimens, multiplex PD-L1 was less expressed when compared to the normally fixed specimens. We also surprisingly observed that cMet and HER2 had stronger expression with overfixed tissue. All other targets had no differences observed in this small patient population. Conclusions: Overfixation of NSCLC FFPE had little to no detrimental impact on most targetable biomarkers, except multiplex PD-L1. We also observed that cMet and HER2 had a slightly stronger expression level with overfixed tissue. As we do not have a reference of the overfixed samples fixed from 24-48 hrs, we cannot be assured that the differences in expression levels are not inherent to the sample itself and independent of fixation time. Additional tests of the same sample fixed over different periods will help to identify the true cause. We propose a consistent approach on tissue fixation time and process as the ensemble of preanalytical conditions is critical in ensuring proper biomarker characterization and validation with IHC. [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».