A species-specific digital PCR assay for the endangered blue racer (<i>Coluber constrictor foxii</i>) in Canada
Notice bibliographique
Résumé
The only population of the endangered blue racer ( Coluber constrictor foxii) in Canada occurs on Pelee Island, Ontario. The species is threatened by multiple factors, including habitat degradation and loss, road mortality, persecution, and potentially predation. We designed and evaluated the performance of an environmental DNA droplet digital PCR assay that can be used for multiple facets of conservation of this species. We tested the assay in silico and in vitro using DNA of blue racers and co-occurring snake species and estimated the LOD and LOQ using synthetic DNA. As wild turkey predation has been suggested to negatively affect racers, we tested the assay on eight wild turkey faecal samples. Our assay is specific, can detect the target species at very low levels of concentration (0.002 copies/µL), and can accurately quantify copy numbers ≥ 0.26 copies/µL. We detected no racer DNA in any wild turkey faecal sample. More faecal samples collected at strategic locations during snake peak activity on Pelee Island would enable a more thorough assessment of the possibility of turkey predation. Our assay should be effective for other environmental samples and can be used for investigating other factors negatively affecting blue racers, for example, helping to quantify blue racer habitat suitability and site occupancy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».