Design and assembly of the 117-kb <i>Phaeodactylum tricornutum</i> chloroplast genome
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT There is a growing impetus to expand the repository of chassis available to synthetic biologists. The chloroplast genome presents a unique chassis for engineering photosynthetic eukaryotes by virtue of its compact size, lack of epigenetic regulation, and containment within the secluded lipid bilayers of the organelle. The development of the chloroplast as a synthetic biology chassis, however, has been limited by a lack of efficient techniques for whole genome cloning and engineering. Here, we demonstrate two approaches for cloning the 117 kb Phaeodactylum tricornutum chloroplast genome that have 90 to 100% efficiency when screening as few as ten Saccharomyces cerevisiae colonies following yeast assembly. The first method directly uses PCR-amplified fragments of the genome for yeast assembly, whereas the second method relies upon the pre-cloning of eight overlapping genomic regions into individual plasmids that they can later be released from. The cloned genome can be stably maintained and propagated within Escherichia coli , which provides an exciting opportunity for engineering a novel delivery mechanism for bringing DNA directly to the algal chloroplast. As well, one of the cloned genomes was designed to contain a single Sap I site within the yeast URA3 open-reading frame, which can be used to linearize the genome and integrate designer cassettes via golden-gate cloning or further iterations of yeast assembly.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».