A cross-sectional study of explainable machine learning in Alzheimer’s disease: diagnostic classification using MR radiomic features
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Alzheimer's disease (AD) even nowadays remains a complex neurodegenerative disease and its diagnosis relies mainly on cognitive tests which have many limitations. On the other hand, qualitative imaging will not provide an early diagnosis because the radiologist will perceive brain atrophy on a late disease stage. Therefore, the main objective of this study is to investigate the necessity of quantitative imaging in the assessment of AD by using machine learning (ML) methods. Nowadays, ML methods are used to address high dimensional data, integrate data from different sources, model the etiological and clinical heterogeneity, and discover new biomarkers in the assessment of AD. Methods: In this study radiomic features from both entorhinal cortex and hippocampus were extracted from 194 normal controls (NC), 284 mild cognitive impairment (MCI) and 130 AD subjects. Texture analysis evaluates statistical properties of the image intensities which might represent changes in MRI image pixel intensity due to the pathophysiology of a disease. Therefore, this quantitative method could detect smaller-scale changes of neurodegeneration. Then the radiomics signatures extracted by texture analysis and baseline neuropsychological scales, were used to build an XGBoost integrated model which has been trained and integrated. Results: The model was explained by using the Shapley values produced by the SHAP (SHapley Additive exPlanations) method. XGBoost produced a f1-score of 0.949, 0.818, and 0.810 between NC vs. AD, MC vs. MCI, and MCI vs. AD, respectively. Discussion: These directions have the potential to help to the earlier diagnosis and to a better manage of the disease progression and therefore, develop novel treatment strategies. This study clearly showed the importance of explainable ML approach in the assessment of AD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».